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选择砧木时，要求砧木对当地的环境条件有较强的适应能力。如具有抗寒、抗早、抗盐碱的特性;对主要病虫有较强的抵抗力，与接穗亲和力较高;对接穗的生长发育有较好的影响。利用砧木种子进行播种育苗前要对种子进行层积处理，这是果树育苗不同于大田作物的地方。果树种子只有通过一定时间的低温层积处理，让其通过后熟，播种后才能发芽。层积时选背阴高燥处，挖宽40cm，深60cm的沟，先在沟底放5cm厚的湿沙，将与沙子混匀的种子放在上面，沙的湿度以手握成团不滴水为宜。然后盖一层草帘,再覆沙，沙高出地面堆成土堆,最后盖塑料膜。要经常检查沙的湿度，防止霉烂和过早发芽。层积处理的开始期，可根据各树种层积天数及当地播种期向前推算。一般层积处理时间在3 ~7尤的环境条件下，海棠、杜梨、猕猴桃60〜80 天;板栗、桃、杏、酸枣等80〜100天。
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